W życiu osobistym Stanisława Jachowicza nie brakowało trudnych okresów. Brak ojca, dzieciństwo bez rówieśników i niemal bez zabaw, szybkie rozstanie z domem rodzinnym, później utrata pracy. 9 lipca 1823 poślubił osiemnastoletnią sierotę, Salomeę Elżbietę Jabłońską, córkę kapitana Wojsk Polskich Jacentego Jabłońskiego i Tekli z Czaplińskich. Niestety, dwa lata później żona i jego nowo narodzony syn zmarli. W 1833 ożenił się powtórnie, ze swoją dawną uczennicą, Antoniną Ośmiałowską. Prócz dwójki swoich dzieci, urodzonego w 1842 Eryka i cztery lata młodszego Rudolfa, wychowywali Jachowiczowie także czwórkę dzieci zmarłej siostry Antoniny. Wyczerpany intensywną pracą, Stanisław Jachowicz utracił siły i wzrok. W hołdzie dla jego zasług, na jego 61. urodziny oraz uzyskania funduszy na pomoc dla niego, przyjaciele i uczniowie postanowili wydać zbiorową pozycję pod wymownym tytułem „Wieniec” (t. 1–3, 1857–1858)„Wieniec”, Tom 3 skan oryginłu.. Pierwszy z tomów ukazał się za życia Jachowicza.
Stanisław Jachowicz zmarł w Warszawie w wigilię Bożego Narodzenia 24 grudnia 1857;