Od strony zachodniej, między Mainland a Graemsay, znajduje się Hoy Sound (minimalna szerokość 0,5 mili morskiej, minimalna głębokość – 36 m). Część z pozostałych przejść została zagrodzona ze względów obronnych groblami lub umyślnie zatopionymi statkami. Prędkość prądów pływowych w cieśninach prowadzących do Scapa Flow dochodzi do 10 węzłów.
Rozmiar całego akwenu to około 27 km długości i 25 km szerokości; średnia głębokość 36 m, maksymalna (w rejonie Sound of Hoxa) – 61 m. Łagodzący wpływ Prądu Zatokowego powoduje, że jego wody nie zamarzają. Kotwicowisko – w porównaniu z burzliwymi wodami okalającymi Orkady – jest spokojnym miejscem; wyspy osłaniają Scapa Flow od silnych północnych i zachodnich wiatrów i fal, jednocześnie cechy środowiska przyrodniczego (skaliste wybrzeża, silne prądy pływowe, zmienne warunki atmosferyczne) stanowiły naturalne zabezpieczenie przed aktywnością sił nieprzyjaciela.
Historia Osadnictwo na Orkadach pojawiło się około 5000 lat temu, od VIII w. rozpoczęła się ich kolonizacja przez wikingów. Najprawdopodobniej to oni właśnie dostrzegli zalety miejsca nazwanego potem Scapa Flow;