Wychodzą z niego trzy pary nerwów czułkowych i jedna para nerwów bocznych wiodąca przez kielich do trzonka.
Układ pokarmowy jest U-kształtnie wygięty, pozbawiony mięśni. Lejkowata jama gębowa przechodzi w rurkowaty przełyk, a ten w workowaty żołądek o silnie orzęsionym dnie. Z niego wychodzi jelito zakończone rektum otwartym odbytem na wzgórku analnym.
Kielichowate nie mają układu krwionośnego ani układu oddechowego. Wymiana gazowa odbywa się u nich powierzchnią ciała. Funkcje zmysłowe pełnią jednokomórkowe mechanoreceptory, a u części gatunków także papille zmysłowe zdolne do mechano- i chemorecepcji.
Układ wydalniczy reprezentuje protonefrydium z parą komórek płomykowych między przełykiem a zwojem podprzełykowym. Ich kanaliki łączą się we wspólny kanał uchodzący nefrydioporem. Osmoregulacji u form kolonijnych służyć mogą ponadto organy porowate na stylikach.
Gruczoły płciowe są parzyste. Większość gatunków to hermafrodyty, przy czym spotyka się zarówno obojnactwo równoczesne jak i protandrię. U gatunków tych nasieniowód łączy się z jajowodem we wspólny gonodukt. Część gatunków opisywana jest jako rozdzielnopłciowe, jednak mają one możliwość zmiany swojej płci pod wpływem warunków zewnętrznych.