Taksonomia i ewolucja Pozycja systematyczna kielichowatych w obrębie Spiralia jest niejasna. Początkowo opisywano je jako polipy lub wrotki. W XVIII wieku i pierwszej połowie wieku XIX zwierzęta te zaliczano do mszywiołów. W 1870 roku Heinrich Nitsche nadał im nazwę Entoprocta, odróżniając je od pozostałych mszywiołów, określanych jako Ectoprocta. W 1888 roku Berthold Hatschek wyniósł Entoprocta do rangi osobnego typu. Badania molekularne pozwoliły zaliczyć kielichowate do lofotrochorowców, jednak nie udało się jednoznacznie ustalić ich najbliższych krewnych. Różne analizy molekularne z XXI wieku jako grupę siostrzaną kielichowatych wskazują mszywioły, lejkogębce, Eutrochozoa, a nawet mięczaki i kryzelnice.
Do kielichowatych zalicza się około 180 opisanych gatunków, zgrupowanych w 4 rodzinach: Barentsiidae Emschermann, 1972 (syn. Urnatellidae Annandale, 1915) Pedicellinidae Johnston, 1847 Loxokalypodidae Emschermann, 1972 Loxosomatidae Hincks, 1880