Był działaczem Polskiego Towarzystwa Nauczycielskiego i Macierzy Szkolnej w Cieszynie, a także jednym z inicjatorów powołania skautingu na Śląsku Cieszyńskim. Był także prezesem regionalnego koła Polskiego Towarzystwa Gimnastycznego „Sokół” w Jasienicy, działał też w Polowych Drużynach Sokoła, w których ukończył kurs oficerskiMarek Gałęzowski, Łysek Jan [w:] idem, My idziemy w zórz świtanie... Sylwetki oficerów Legionów Polskich poległych i zmarłych w walce o niepodległość w latach 1914–1916, Warszawa: IPN, 2019, s. 169..
Po wybuchu I wojny światowej w 1914 roku współorganizował Legion Śląski, do którego wstąpił jako ochotnik. Legion został włączony w struktury Legionów Polskich, stając się częścią 3 pułku piechoty. Jan Łysek dowodził początkowo IV plutonem 2. kompanii 3. pułku II Brygady Legionów Polskich.
W trakcie działań wojennych przeciwko armii rosyjskiej brał udział w walkach na terenie Karpat, Bukowiny i w Besarabii, leżących na terenie obecnej Ukrainy, Rumunii i Węgier. 18 października 1914 roku mianowany został podporucznikiem. Chrzest bojowy przeszedł wraz z całą kompanią śląską 24 października 1914 roku podczas bitwy pod Nadwórną, gdzie oddziały polskie dostały się pod zmasowany ogień rosyjskiej artylerii.