Napoleon, który zaczął się rozglądać za tronami dla swego rodzeństwa, powziął zamiar wydania Marii Luizy za Lucjana. Dowiedziawszy się o jego związku z Aleksandryną, zażądał natychmiastowego rozwodu i nakazał uchwalić retroaktywnie działające prawo, zabraniające zawierania małżeństw „w rodzinie Pierwszego Konsula” bez jego zezwolenia. Lucjan, zakochany w żonie i szczęśliwy w małżeństwie, kategorycznie odmówił rozwodu, mówiąc, że Francja nie jest monarchią, „rodziny konsularnej” nie posiada i że retroaktywne prawa są nieważne. Po stronie Lucjana stanęła jedynie matka Letycja, która w listopadzie 1803 wyemigrowała w proteście przeciwko postępowaniu Konsula do Rzymu, uprzednio uzyskawszy u Napoleona list polecający dla Lucjana, skierowany do papieża Piusa VII. W grudniu tego roku Lucjan z żoną przeniósł się do Rzymu.
W czasie swego dwuletniego pobytu we Francji Lucjan Bonaparte był inicjatorem rekonstytuowania Akademii Francuskiej, zlikwidowanej przez Republikę. Odnowiono ją w 1803 i Lucjan otrzymał fotel nr 32 po księciu Franciszku Henryku d’Harcourt (1726–1802). Pensję członka Akademii przeznaczył na utrzymanie młodego poety Bérangera, który dzięki niemu otrzymał możliwość debiutu.
Na pierwszej emigracji w Rzymie