Podstawową zmianą w wersji 0.3 było usunięcie ICQ z rdzenia Mirandy i stworzenie osobnej wtyczki, podobnie jak w przypadku MSN, czy Yahoo!. Od tego momentu Miranda mogła działać bez protokołu ICQ. Ponadto projekt uruchomił nową stronę domową pod adresem www.miranda-im.org, na której znajdował się katalog plików oraz forum dyskusyjne.
Wraz z wersją 0.3 dostarczano wtyczki: ICQ, MSN, AIM oraz Jabber. Ze względu na to, że Yahoo! nie był otwartym protokołem – nie dołączono go do wydania. Obsługa protokołu IRC została dodana przez Jörgena Perssona (m8rix) przy wydaniu Mirandy IM 0.3.1 8 sierpnia 2003 r.
Ważną zmianę stanowiło przeniesienie modułu rozmowy z rdzenia do osobnej wtyczki. Zmniejszyło to znacznie rozmiar pliku wykonywalnego, a także spowodowało szybki rozwój różnych modułów rozmowy. Stworzono wiele różnych wtyczek rozmowy (m.in. SRMM, SRAMM, SRMM-mod itd.), z których każda dawała inne możliwości i unowocześnienia względem oryginalnej wersji. Liczba wtyczek do Mirandy szybko rosła, osiągając 19 kwietnia 2004 r. – w dniu wydania wersji 0.3.3 – liczbę około 250.