Od sezonu 1960/1961 rozgrywki przebiegały systemem jesień – wiosna. Obrońcy tytułu – FC Barcelona – wystąpili wówczas zarówno w Pucharze Miast Targowych, jak i Pucharze Europy – oba turnieje stanowiły dla siebie początkowo konkurencję. Z czasem Puchar Europy zyskał status najważniejszych zawodów klubowych w Europie (m.in. dlatego, że startowali w nim zawsze mistrzowie lig krajowych). Liczba drużyn przystępujących do rozgrywek zmieniała się, osiągając ostatecznie rekordową liczbę 64; liczba rund w poszczególnych sezonach doszła do 6. Z czasem w pucharze występowały również kluby nie pochodzące z miast targów międzynarodowych, a kwalifikacja do turnieju była uzależniona od pozycji w ligach krajowych. Jednym z fundamentów rozgrywek była zasada „jedno miasto, jedna drużyna”, zniesiona jedynie na czas sezonu 1961/1962. Dwukrotnie rozegrany jeden mecz finałowy (1964, 1965).
Rozgrywki o Puchar Miast Targowych zostały zdominowane przez drużyny reprezentujące Hiszpanię (6 zwycięstw, 9 drugich miejsc) i Anglię (4 zwycięstwa, 8 drugich miejsc). Ponadto po jednym triumfie odniosły zespoły z Węgier, Jugosławii i Włoch.