W 1886 zorganizował tzw. Ekspedycję Rzymską, której celem było przyswojenie polskiej nauce dokumentów z archiwum w Watykanie. W 1899 został członkiem Moskiewskiego Towarzystwa ArcheologicznegoMaria Blombergowa, Polscy członkowie Cesarskiego Moskiewskiego Towarzystwa Archeologicznego (1864–1914), „Kwartalnik Historii Nauki i Techniki” 25/3 (1980) s. 556.. W latach 1908–1919 był dyrektorem Archiwum Krajowego Aktów Grodzkich i Ziemskich w Krakowie, ponadto od 1919 był profesorem Uniwersytetu Lubelskiego, któremu przekazał księgozbiór i część swojego archiwum. Od 1881 członkiem krakowskiej Akademii Umiejętności pełniącej funkcję ogólnonarodową, do której zjeżdżali uznani uczeni z terenów całej byłej Rzeczypospolitej, w latach 1891–1902 został jej sekretarzem generalnym. Smolka mieszkał w 1910 w domu Heleny Rusockiej w Rudawie, a w latach 1912–1914 w pobliskich Niegoszowicach. Za wybitne osiągnięcia naukowe Akademia przyznała mu nagrodę pieniężną w 1924.