W początkowym okresie gastrulacji tworzą się również błony zarodkowe otaczające zarodek. Zarodki muszek owocowych otaczane są przez jedną błonę – amnioserozę. U większości owadów występują jednak dwie błony zarodkowe – seroza (błona surowicza) i amnion (owodnia).
Gastrulacja jeżowców W pierwszym etapie gastrulacji komórki wywodzące się z „dużych” mikromerów (zobacz: bruzdkowanie jeżowców) wnikają do jamy blastocelu. Następnie do wnętrza blastocelu zaczyna wpuklać się wegetatywna część ścianki blastuli. W ten sposób powstaje zagłębienie – prajelito, z którego utworzy się endo- i mezoderma zarodka. Prajelito otwiera się na zewnątrz otworem zwanym pragębą. Kiedy prajelito osiągnie 1/4 do 1/3 średnicy blastocelu, zwęża się i wydłuża prawie trzykrotnie. Następnie komórki, które leżą w szczytowej części prajelita wypuszczają wypustki cytoplazmatyczne (filopodia). Łączą się one z wewnętrzną powierzchnią ektodermy w pobliżu bieguna animalnego i kurczą, doprowadzając do zetknięcia szczytu prajelita z błoną podstawną ektodermy. Na tym etapie gastrulacji emigrują również ze ścianki prajelita do jamy blastocelu komórki mezenchymy wtórnej, które są materiałem na mezodermę zarodka.