Jednocześnie z powiększaniem się prajelita, zmniejsza się blastocel. Z obszarów znajdujących się po obu stronach szarego półksiężyca, tj. z mezodermy przyosiowej, rozwiną się somity. Prekursory mezodermy bocznej leżą po przeciwnej stronie niż szary półksiężyc i wpuklają się do gastruli przez brzuszną wargę pragęby. Podczas wpuklania strefy brzeżnej jednocześnie następuje proces obrastania (epibolii) zarodka na zewnątrz przez komórki ektodermy wywodzące się z animalnej części blastuli. Podczas epibolii zaczyna zachodzić embolia, tzn. wciąganie do środka zarodka komórek endodermalnych oraz stopniowe zamykanie się pragęby. Zamykająca się pragęba jest widoczna z zewnątrz jako zmniejszający się tzw. czop żółtkowy. Pod koniec gastrulacji ektoderma całkowicie obrasta czop żółtkowy, a pragęba staje się pionową szczeliną. W tym stadium jamę prajelita od góry wyściela mezoderma, a od dołu – endoderma. Następnie boczne listki mezodermalne rozrastają się w dół zarodka, między ekto- i endodermę a listek endodermalny rozrasta się w górę i wyściela całą jamę prajelita. Wtedy zaczyna się następny etap rozwoju – neurulacja.