Związkowe Naczelnictwo Skautowe powołało w lutym 1912 r. Lwowską Miejscową Komendę Skautową, w skład której wszedł także Michał Affanasowicz. Szkolił instruktorów skautowych na wielu kursach, m.in. w 1912 r. w Strachowie koło Urli prowadził z Jerzym Grodyńskim kurs dla warszawskich drużynowych.
W 1913 r. stał na czele drużyny polskich skautów (42 skautów i 11 oficerów skautowych) na Wszechbrytyjskim Zlocie Skautów w Birmingham, wraz z Andrzejem Małkowskim i Kazimierzem Nowakiem. Przywiózł z tego wyjazdu szereg zdjęć, które stanowiły potem ilustrację do książki Andrzeja Małkowskiego Jak skauci pracują (Wyd. Kraków, 1914). Było to pierwsze wspólne wystąpienie delegacji polskich skautów z trzech zaborów na terenie międzynarodowym.
W 1914 r. w Skolem przeprowadzono 3 szkoleniowe kursy skautowe. Naczelnictwo przywiązywało do nich bardzo dużą wagę, gdyż podejmowało próbę skupienia uczestników z trzech zaborów w jedną organizację. Bezpośrednio przebiegiem kursu kierował Jerzy Grodyński, a pomagali mu m.in. Jerzy Dąbrowski, Jerzy Lenczykowski, Stanisław Sedlaczek, Tadeusz Strumiłło a także sam Michał Affanasowicz.