Maria Bonaparte miała z Jerzym dwoje dzieci, Piotra (1908–1980), znanego antropologa i Eugenię (1910–1988), która wyszła za ks. Dominika Radziwiłła z Balic (zm. 1976), wnuka ks. Karola Stefana z Żywca i miała z nim dwoje dzieci, syna Jerzego Andrzeja (1942–2001) i córkę Tatianę (ur. 1939); rozwiodła się z Radziwiłłem w roku 1946 i poślubiła księcia Rajmunda Aleksandra Thurn und Taxis (1907–1986), pana na zamku Duino koło Triestu, z którym miała syna Karola Aleksandra (ur. 1952), obecnego właściciela Duino, i z którym rozwiodła się w 1965.
Maria zmarła na białaczkę i jest pochowana obok męża na cmentarzu królewskim w Tatoi w pobliżu Aten.
Publikacje Prace własne Le printemps sur mon jardin, Paris. Edgar Poe avec un avant-propos de Freud, Paris 1933 (wydanie angielskie 1948, wydanie niemieckie Frankfurt/M, 1984). Mémoires. Guerres militaires et guerres sociales. Introduction à la théorie des instincts, 1934. De la sexualité de la femme (ang.