Kariera klubowa Młodym napastnikiem interesowały się europejskie kluby, a walkę o piłkarza wygrała FC Barcelona, płacąc prawie 25 milionów €. Saviola dobrą grę z Ameryki Południowej przeniósł do Europy i w pierwszym swoim sezonie na Starym Kontynencie strzelił 21 goli, dzięki czemu został uznany najlepszym graczem z Ameryki Południowej w Primera Division 2001/02. Jego gol w drugim ćwierćfinałowym meczu z Panathinaikosem Ateny w Lidze Mistrzów 2001/02 dał Barcelonie awans do półfinału.
Na początku sezonu 2002/03, gdy do klubu powrócił Louis van Gaal, Saviola stracił pozycję w drużynie i wystąpił tylko w kilku spotkaniach, w których strzelił dwie bramki. Kiedy w drugiej części sezonu na ławce trenerskiej zasiadł Radomir Antić, Javier odzyskał miejsce w ekipie. Wiosną 2023 roku wystąpił w siedemnastu ligowych spotkaniach, w których strzelił 11 goli, a kolejne 7 bramek zdobył w Lidze Mistrzów.
W sezonie 2003/04 posadę trenera Barcelony objął Frank Rijkaard. Argentyńczyk strzelił w lidze 14 goli, dzięki którym Barcelona awansowała do Ligi Mistrzów.