W 2005 roku wraz z reprezentacją Argentyny pojechał do Niemiec, gdzie odbywały się rozgrywki o Puchar Konfederacji 2005. Javier nie zagrał jednak w finale, ponieważ otrzymał czerwoną kartkę w meczu półfinałowym z Meksykiem. Ostatecznie Argentyna przegrała z Brazylią 1:4.
W czerwcu 2006 roku zagrał na Mistrzostwach Świata w Niemczech. Swoją jedyną bramkę w turnieju strzelił w meczu fazy grupowej z Wybrzeżem Kości Słoniowej. Argentyna odpadła w 1/4 finału w meczu z Niemcami (1:1, 2:4 w rzutach karnych).
5 grudnia 2009 zdecydował o zakończeniu reprezentacyjnej kariery. Swoją decyzję umotywował chęcią skupienia się na karierze klubowej.
Życie po zakończeniu kariery piłkarskiej Po zakończeniu kariery piłkarza, Javier Saviola zamieszkał wraz z rodziną w Andorze, gdzie rozpoczął kursy trenerskie i został zatrudniony w sztabie klubu FC Ordino. W sezonie 2022-2023 był asystentem trenera Oscara Lopeza w młodzieżowym zespole Barcelony, a następnie pracował jako komentator.
Obecnie bierze udział w różnych projektach związanych z piłką młodzieżową oraz jest zapraszany przez media i cytowany jako ekspert piłkarski.