W serialu HBO Go Nowy papież (The New Pope, 2019–2020) autorstwa Paola Sorrentina wcielił się w postać papieża Jana Pawła III, który zastępuje Piusa XIII (Jude Law), gdy ten zapada w śpiączkę.

Projektowanie mody W 2002 założył firmę odzieżową Mrs. Mudd, oferującą garnitury, bawełniane koszule, kamizelki i płaszcze. W 2003 firma wydała swoją kolekcję odzieży męskiej Johna Malkovicha „Uncle Kimono”, która została następnie opisana w międzynarodowej prasie. W 2010 zaprojektował stroje dla linii „Technobohemian”.

Działalność muzyczna 26 listopada 2015 ukazał się album Like A Puppet Show nagrany przez Malkovicha z Yoko Ono oraz jej synem Seanem. Zapowiedzią tego słowno-muzycznego projektu był utwór i singiel „Cryolife 7:14 A.M.”, gdzie Malkovich recytuje dzieło Platona „Alegoria Jaskini”.

W mediach Był na okładkach magazynów takich jak „Esquire”, „Entertainment Weekly”, „La Nación” i „Interview”.

Wystąpił w kostiumie z epoki razem z Hugh Lauriem w teledysku do piosenki Annie Lennox pt. „Walking on Broken Glass” (1992). Swoim wizerunkiem reklamował także kawę Nestlé (2009) i iPhone 4S Apple Inc. (2012). Użyczył głosu jako główny antagonista, Oz, dozorca zespołu uderzeniowego Atlas w grze wideo Call of Duty: Advanced Warfare w części Exo Zombies (2014).