Z historią fundacji Jakuba Wejhera związane jest malowidło na chórze za wielkim ołtarzem. Ukazana tu jest postać fundatora i jego pierwszej żony Anny Elżbiety na tle krajobrazu Wejherowa z budowlami świeckimi i sakralnymi. Obraz jest dziełem Stanisława Kłosowskiego, Polaka z gdańskiego cechu malarskiego, wykonanym w 1658 roku na zlecenie drugiej żony wojewody Joanny, odnowionym w 1849 roku przez Teodozjusza Rednera. Malowidło ma raczej wartość historyczną ze względu na ukazane realia z drugiej połowy XVII wieku.
Ozdobne kiedyś i opatrzone napisami płyty nagrobne rodziny Wejherów i Przebendowskich przed kaplicami zostały starte, podobnie jak większość cennych artystycznie i wartościowych historycznie nagrobnych płyt w kościołach pomorskich. Usunięto je z kościoła w związku z założeniem posadzki. Jedna z tych płyt znajduje się na zewnątrz przy ścianie kościoła.
Z pozostałych zabytków wymienić trzeba ozdobne balaski przed prezbiterium pochodzące z XVIII wieku i pięknie inkrustowaną rokokową szafę w zakrystii, a także prospekt organowy o formach późnego baroku z XVIII i XIX wieku. Cennym zabytkiem jest także srebrny złocony relikwiarz z XVIII wieku, dzieło wybitnego gdańskiego złotnika J.G.