W czasie okupacji w okolicy działała rozwinięta grupa konspiracyjna, do której należało wielu mieszkańców miasta.
22 stycznia 1945 roku Margonin został zajęty przez Armię Czerwoną. Po wojnie nastąpiła odbudowa i rozbudowa miasta, które stało się lokalnym ośrodkiem usługowo-handlowym z rozwiniętymi funkcjami ośrodka turystycznego.
Nazwa miasta pochodzi najprawdopodobniej od imienia zaczynającego się od przedrostka Marg-; historykom nie udało się jednak ustalić konkretnej osoby. Według miejscowej legendy nazwa pochodzi od imienia krzyżackiego rycerza Margo, który zachwycił się urodą córki właściciela wsi Sułaszewo – Niny. Po uprowadzeniu dziewczyny, osiadł on we dworze nad jeziorem, wokół którego rozwinęła się osada.
1 stycznia 2023 roku zniesiono oficjalnie części miasta o nazwach Nowe Miasto, Piaski i RutkiTe miejscowości w Wielkopolsce zniknęły lub zmieniły nazwę. Oto nowe miejscowości od 2023 roku. Sprawdź listę!Rozporządzenie Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 20 grudnia 2022 r.