Bez medalu wrócił także z mistrzostw świata w Vail w 1999 roku, rozgrywanych dwa lata później mistrzostw świata w St. Anton oraz igrzysk olimpijskich w Salt Lake City w 2002 roku. Kolejne trofeum zdobył na mistrzostwach świata w Sankt Moritz w 2003 roku, gdzie w biegu zjazdowym był trzeci za Michaelem Walchhoferem z Austrii i Kjetilem André Aamodtem. Podczas mistrzostw świata w Bormio w 2005 roku jego najlepszym wynikiem było piąte miejsce w zjeździe. W tej samej konkurencji zdobył jednak brązowy medal na rozgrywanych rok później igrzyskach w Turynie, gdzie lepsi byli tylko Francuz Antoine Dénériaz oraz Michael Walchhofer. Brał też udział w mistrzostwach świata w Åre w 2007 roku, gdzie był trzeci w supergigancie. Tym razem wyprzedzili go jedynie Włoch Patrick Staudacher oraz Austriak Fritz Strobl.
W 2007 roku Kernen zakończył karierę.
Jego kuzyn, również Bruno Kernen, także uprawiał narciarstwo alpejskie.
Osiągnięcia Igrzyska olimpijskie Miejsce Dzień Rok Miejscowość Konkurencja Czas biegu Strata Zwycięzca DNF 12 lutego 1998 Nagano Kombinacja 3:08,06 – Mario Reiter DNF 13 lutego 1998 Nagano Zjazd 1:50,11 – Jean-Luc Crétier 11.