Wydłużony do trzech lat okres zdjęć i produkcji tego, trapionego także problemami finansowymi, filmu spowodował, że zmuszona była odrzucić znaczące role w głośnych produkcjach takich jak Cyrano de Bergerac (1990) czy Podwójne życie Weroniki (1991).
Binoche wystąpiła kolejno m.in. w uznanych filmach Skaza (1992) Louisa Malle’a, czy Trzy kolory. Niebieski (1993) Krzysztofa Kieślowskiego. Za rolę w filmie polskiego reżysera zdobyła na festiwalu w Wenecji Puchar Volpiego i także jej rodzimego Cezara dla najlepszej aktorki. Dla filmu tego Binoche odrzuciła ofertę Stevena Spielberga, oferowana jej rola dr Ellie Sattler w Parku Jurajskim (1993) ostatecznie przypadła Laurze Dern. Aktorka była bardzo selektywna jeśli chodzi o współpracę ze Spielbergiem, odrzuciła także role w jego filmach Indiana Jones i ostatnia krucjata (1989) oraz Lista Schindlera (1993). Porażką jednak zakończył się jej występ w o rok wcześniejszych Wichrowych Wzgórzach (1992) u boku Ralpha Fiennesa, gdzie jeszcze przed premierą brytyjska prasa krytykowała fakt, że w obsadzie adaptacji klasycznej pozycji literatury angielskiej znalazła się aktorka francuska.