Bioindykacja Makrobezkręgowce bentosowe powszechnie są wykorzystywane do tworzenia biotycznych wskaźników jakości wód, gdyż w ciekach, zwłaszcza mniejszych, są jedną z dominujących grup organizmów i są stosunkowo łatwe do rozpoznania. Przy tym mają znaną tolerancję ekologiczną, więc można wyznaczyć ich wartość wskaźnikową. W pewnym uproszczeniu można przypisać taką wartość nie tylko konkretnym gatunkom wskaźnikowym, ale większym grupom, których oznaczenie wymaga mniej dogłębnej wiedzy taksonomicznej. Przykładowo, zwykle larwy widelnic czy jętek występują w wodach mało zanieczyszczonych, a larwy Chironomus czy rureczniki znoszą większe zanieczyszczenie.
Jednym z najwcześniej stosowanych indeksów biotycznych opartych o skład makrozoobentosu był Indeks Biotyczny Rzeki Trent, na którego podstawie rozwinięto kolejne indeksy dostosowane do innych ekoregionów. Nieco inna grupa wskaźników uwzględnia nie tylko skład zoobentosu, ale również liczebność przedstawicieli poszczególnych grup. Podstawowym jej indeksem jest Sumaryczny Wskaźnik Jakości Wody (BMWP), również adaptowany do regionalnych warunków. Bardziej złożone indeksy są metriksami wielometrycznymi, czyli są wypadkową (np. średnią ważoną) indeksów składowych.