Ich zadaniem jest organizowanie, planowanie, koordynowanie i nadzór realizacji zadań systemu oraz częściowo finansowanie jednostek systemu.
Drugi pion stanowią jednostki systemu. Ustawa o Państwowym Ratownictwie Medycznym z 2006 roku wskazuje dwa typy jednostek systemu, czyli szpitalne oddziały ratunkowe i zespoły ratownictwa medycznego, w tym lotnicze zespoły ratownictwa medycznego. Jednostki systemu muszą ze sobą współpracować i się uzupełniać. Warunkiem uczestnictwa tych jednostek w systemie jest zawarcie przez ich dysponenta umowy o udzielanie przez nie świadczeń opieki zdrowotnej oraz umowy na wykonywanie medycznych czynności ratunkowych. thumb|Motoambulans BMW RT 1200
Zespoły ratownictwa medycznego Rodzaje zespołów S – zespół wyjazdowy specjalistyczny – co najmniej trzy osoby uprawnione do wykonywania medycznych czynności ratunkowych, w tym lekarz systemu, P – zespół wyjazdowy podstawowy – co najmniej dwie osoby uprawnione do wykonywania medycznych czynności ratunkowych, zespół lotniczy Lotniczego Pogotowia Ratunkowego – co najmniej trzy osoby, w tym co najmniej jeden pilot zawodowy, lekarz systemu oraz ratownik medyczny lub pielęgniarka systemu