W 1998 skierowano do Naczelnej Prokuratury Wojskowej oświadczenie ws. rehabilitacji Kołczaka. Sprawa trafiła do sądu. 26 stycznia 1999 sąd wojskowy uznał jednak admirała za niepodlegającego rehabilitacji, gdyż ten pomimo swoich szerokich uprawnień, nie powstrzymał terroru prowadzonego przez jego kontrwywiad wobec ludności cywilnej. Obrońcy admirała nie zgodzili się z tymi argumentami. Zwrócili się tym razem bezpośrednio do Sądu Najwyższego Federacji Rosyjskiej, z wnioskiem o odwołanie wcześniejszego wyroku. Protest został skierowany do Kolegium Wojskowego Sądu Najwyższego. We wrześniu 2001, po wcześniejszym rozpatrzeniu sprawy, postanowiono nie odwoływać się od wcześniejszej decyzji sądu wojskowego. Członkowie Kolegium Wojskowego uznali, że zasługi admirała w okresie przedrewolucyjnym nie mogą stanowić podstawy do jego rehabilitacji i nie mogą usprawiedliwiać masowych represji wobec ludności cywilnej i żołnierzy Armii Czerwonej.