Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 102.. W 1787 szlachta ziemi krakowskiej witała tu przybywającego do Krakowa króla Stanisława Augusta Poniatowskiego. Pod koniec XVIII wieku głównymi obiektami Czyżyn był dwór z folwarkiem oraz karczma, a w Czyżynach z przyległym Łęgiem notowano około 600 mieszkańców i 100 domów. W drugiej połowie XIX wieku wieś liczyła ponad 800 mieszkańców. Funkcjonowała w niej jednoklasowa szkoła ludowa.
Dalszy rozwój terenu wiązał się z rozbudową Twierdzy Kraków – zbudowany został fort Pszorna. Stacjonował tu oddział balonowy 2 Pułku Artylerii Fortecznej twierdzy Kraków. W 1912 dowództwo austriackie utworzyło na tym terenie Flugpark 7 razem z całym zapleczem technicznym. Fort nie przetrwał do naszych czasów – został zburzony w 1951 w związku z budową Alei Planu 6-letniego (obecnie Alei Jana Pawła II), jego pozostałościami są ziemne stoki na terenie Parku Lotników.
W latach 1936–1939 w Czyżynach wzniesiono kościół św. Judy Tadeusza, a w 1951 erygowano parafię.
18 stycznia 1945, wraz z Olszą i Rakowicami, Czyżyny włączone zostały do Krakowa.