Działalność społeczna i polityczna W latach 1972–1981 należał do PZPR, był przez dwuletnią kadencję przewodniczącym jednej z trzech wydziałowych podstawowych organizacji partyjnych. W 1981 wstąpił do „Solidarności”. W latach 1982–1985 jako przedstawiciel tzw. pomocniczych pracowników naukowych był członkiem Prezydium Rady Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego, skupiającej m.in. usuniętych w stanie wojennym rektorów wyższych uczelni (takich jak Roman Ciesielski, August Chełkowski czy Robert Głębocki).
Według dokumentów IPN został zarejestrowany jako kandydat na tajnego współpracownika Służby Bezpieczeństwa w 1985. Zbigniew Ćwiąkalski odmówił jakiejkolwiek propozycji współpracy, a sam fakt zarejestrowania powiązał z wyjazdem na półtoraroczne stypendium do RFN w 1986.
Po 1989 był nieformalnym doradcą kilku posłów Obywatelskiego Klubu Parlamentarnego. W latach 1991–1996 doradzał ministrom edukacji narodowej, a okresie 1992–1993 premier Hannie Suchockiej (odpowiadał wówczas m.in. za ustawę o świadku koronnym). Pełnił też funkcję eksperta komisji sejmowych.