Po remoncie „Arethusa” powróciła w skład 2. Eskadry Krążowników Floty Metropolii, m.in. patrolując i eskortując konwoje na Morzu Północnym i Atlantyku oraz operacje stawiania min. 27 października 1940 miała jednak kolizję z parowcem w osłonie konwoju EN-12, po której była remontowana do 26 listopada. Od 22 maja 1941 „Arethusa” patrolowała wody między Islandią a Wyspami Owczymi (z krążownikami HMS „Manchester” i „Birmingham”) w operacji poszukiwania niemieckiego pancernika „Bismarck”, jednakże niemiecki zespół przeszedł inną trasą.
W lipcu 1941 „Arethusa” w składzie zespołu „X” uczestniczyła w silnym zespole eskortującym konwój 7 statków z wojskiem i sprzętem z Wielkiej Brytanii na Maltę (operacja Substance). Po opuszczeniu Gibraltaru 21 lipca 1941, konwój stał się obiektem ataków lotnictwa i włoskich kutrów torpedowych. Mimo pewnych strat (zatopiono niszczyciel i transportowiec, kilka okrętów uszkodzono), zespół po osiągnięciu Malty, powrócił do Gibraltaru 27 lipca. 31 lipca „Arethusa”, krążownik HMS „Hermione”, szybki stawiacz min HMS „Manxman” i niszczyciele HMS „Sikh” i „Lightning”, ponownie wyruszyły na Maltę, transportując tam żołnierzy i personel lotniczy, którzy nie dotarli tam podczas poprzedniej operacji z powodu zawrócenia uszkodzonych jednostek do Gibraltaru (operacja Style).