Jan Małachowski herbu Nałęcz (ur. 1623 w Bąkowej Górze koło Sieradza, zm. 20 sierpnia 1699 w Krakowie) – biskup krakowski, podkanclerzy koronny, scholastyk kapituły katedralnej lwowskiej w 1664 rokuPrzyjaciel Chrześciańskiey Prawdy. Czasopismo teologiczne dla oświecenia i zbudowania kapłanów nayprzód, a potem katolickich chrześcian. 1839 Przemyśl R.VII z.II, s. 91..
Pochodził ze znanej szlacheckiej rodziny Małachowskich herbu Nałęcz. Jego pradziad Mikołaj Małachowski (1519-1575), dał początek szlacheckiej gałęzi Małachowskich. Jego bratankiem był Stanisław Małachowski, wojewoda poznański.
Studia prawnicze odbył w Akademii Krakowskiej. W 1651 r. brał udział w bitwie pod Beresteczkiem. Owdowiawszy (żona pochodziła z rodu Szembeków, dzieci nie mieli) postanowił studiować teologię. Przed 1655 r. przyjął święcenia kapłańskie, w latach 1655-57 był kapelanem króla Jana Kazimierza. Za zasługi nagrodzony stanowiskiem referendarza koronnego w 1666 rokuUrzędnicy centralni i nadworni Polski XIV-XVIII wieku, Kórnik 1992, s. 138. i kanonika krakowskiego w 1660 roku.