Swanson opuścił okręt 27 października. 1 listopada 1933 „Indianapolis” wyznaczono jako okręt flagowy 'Scouting Force 1', w tym charakterze operował z Long Beach w stanie California. 9 kwietnia 1934 opuścił bazę płynąc do Nowego Jorku, gdzie po raz drugi gościł prezydenta Roosevelta. Uczestniczył w przeglądzie morskim. 9 listopada 1934 powrócił do Long Beach i wznowił ćwiczenia ze Scouting Force, którego okrętem flagowym pozostawał do 1941 roku. 18 listopada 1936 w Charleston (Karolina Południowa) po raz trzeci zaokrętował się na okręcie prezydent Roosevelt celem odbycia szeregu przyjacielskich wizyt w krajach Ameryki Południowej. „Indianapolis” odwiedził Rio de Janeiro (Brazylia), Buenos Aires (Argentyna) i Montevideo (Urugwaj). 15 grudnia 1936 prezydent opuścił okręt w Charleston.
II wojna światowa 7 grudnia 1941, podczas japońskiego ataku na Pearl Harbor, „Indianapolis” przeprowadzał pozorowane bombardowanie atolu Johnston. Włączony w skład Task Force 11 bezskutecznie poszukiwał japońskich lotniskowców. Powrócił do Pearl Harbor 13 grudnia.
Nowa Gwinea Główny artykuł: Walki na Nowej Gwinei