XX wieku, a o jej istnieniu świadczą do dziś zachowane pozostałości torów, resztki dwóch mostów kolejowych nad Dłubnią i jej młynówką oraz zachowany do dzisiaj budynek stacji kolejowej Bieńczyce przy ulicy Stadionowej. W 1949 na polach we wschodniej części wsi rozpoczęto budowę miasta Nowa Huta. W 1951 miejscowość została, wraz z pozostałymi miejscowościami na obszarach których rozpoczęto budowę Nowej Huty, przyłączona do Krakowa jako LIV dzielnica katastralna.
W latach 1962–1979 na terenie dawnej wsi, włączonej w granice Krakowa, zrealizowano założenie architektoniczno-urbanistyczne Bieńczyce Nowe, w zamierzeniu stanowiące rozbudowę dzielnicy Nowa Huta w kierunku północno-zachodnim. W 1959 roku w wyniku konkursu na projekt założenia wybrano koncepcję autorstwa warszawskiej architekt Jadwigi Guzickiej z zespołem, w którym za projekt urbanistyczny odpowiadali Anna Basista i Jan Lewandowski, a za architekturę budynków Kazimierz Chodorowski, Stefan Golonka oraz konstruktor dr inż. Tadeusz Kantarek. Całe założenie było projektowane dla ok. 30 tys. mieszkańców – ok. 5,5 tys. na jednym osiedlu. Cechuje je luźna zabudowa budynkami wolnostojącymi z przeważającą zabudową 5- i 11-kondygnacyjną.