31 października 2005 objął stanowisko prokuratora krajowego w strukturach Ministerstwa Sprawiedliwości kierowanego wówczas przez Zbigniewa Ziobrę.
8 lutego 2007 premier Jarosław Kaczyński odwołał go ze stanowiska prokuratora krajowego, a prezydent Lech Kaczyński na jego wniosek powołał go na urząd ministra spraw wewnętrznych i administracji. 14 marca 2007 otrzymał nominację na członka Rady Bezpieczeństwa Narodowego. 8 sierpnia 2007 został odwołany z zajmowanego stanowiska. Bezpośrednią przyczyną były informacje o tym, jakoby był on źródłem przecieku w sprawie planowanej akcji CBA w Ministerstwie Rolnictwa i Rozwoju Wsi (tzw. afera gruntowa). 13 sierpnia 2007 został kandydatem grupy posłów LPR i Samoobrony RP na prezesa Rady Ministrów w trybie konstruktywnego wotum nieufności. 7 września 2007 Janusz Kaczmarek wycofał jednak zgodę na kandydowanie, wobec czego wniosek poselski jako bezprzedmiotowy nie został poddany pod głosowanie.