W wyborach parlamentarnych w 1997 bez powodzenia ubiegał się o reelekcję (Unia Pracy nie przekroczyła progu wyborczego).
Sprzeciwiając się planom nawiązania przez Unię Pracy współpracy z SLD, w marcu 1998 odszedł z partii na czele grupy byłych posłów i działaczy, która przystąpiła do Unii Wolności. W 1999 został mianowany prezesem Głównego Urzędu Ceł w rządzie Jerzego Buzka. Stanowisko to zajmował do grudnia 2001. W wyborach w 2002 był kandydatem Unii Samorządowej na urząd prezydenta m.st. Warszawy, uzyskując 2,7% głosów. Dwa lata później bez powodzenia kandydował z listy UW do Parlamentu Europejskiego. W 2005 przystąpił do powstałej z przekształcenia UW Partii Demokratycznej, w której działał do 2007. W 2019 wystartował w wyborach do Parlamentu Europejskiego jako lider listy Wiosny Roberta Biedronia w województwie lubelskim, zdobywając 11 640 głosów (1,57% głosów w okręgu) i nie uzyskując mandatu.
Członek Stowarzyszenia Wolnego Słowa. W 2002 sfinansował wydanie przez Sławomira Sierakowskiego pierwszego numeru „Krytyki Politycznej”. W 2014 współtworzył Komitet Obywatelski Solidarności z Ukrainą (KOSzU). Opublikował książkę pt. Konstytucja starsza niż myślisz.