Kryjówki Latem nocki rude w Polsce zamieszkują głównie dziuple drzew, niekiedy również szczeliny w starych mostach, tylko w dwóch regionach Polski odnotowano je również w skrzynkach lęgowych dla ptaków i nietoperzy. W zachodniej Europie częściej spotyka się je latem w budynkach. W niemieckiej Bawarii znaleziono nawet kolonię rozrodczą nocka rudego w jaskini. Zimą gatunek ten hibernuje w kryjówkach podziemnych – jaskiniach, starych kopalniach, fortyfikacjach, piwnicach i studniach, wybierając w nich miejsca chłodne (3–6 °C), ale wilgotne. Aby dotrzeć do miejsc hibernacji, pokonuje niekiedy odległości do 260 km.
Jego naturalnymi kryjówkami są dziuple drzew, szczeliny w pniu czy dziuple wykute przez dzięcioły.
Ochrona W Czerwonej księdze gatunków zagrożonych Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody i Jej Zasobów został zaliczony do kategorii LC ( „najmniejszej troski”). W Polsce jest objęty ścisłą ochroną gatunkową oraz wymagający ochrony czynnej, dodatkowo obowiązuje zakaz fotografowania, filmowania lub obserwacji, mogących powodować płoszenie lub