Jako siedziba autokefalicznego metropolity Ochryda stała się ważnym ośrodkiem kulturalnym. Tu miała swoje centrum tzw. ochrydzka szkoła piśmiennicza. Prawdopodobnie właśnie w Ochrydzie św. Klemens Ochrydzki stworzył cyrylicę. W zburzonej przez Turków cerkwi, w miejscu zwanym Plaošnik, prawdopodobnie mieściła się szkoła typu uniwersyteckiego. W ostatnich latach cerkiew Świętego Pantelejmona odbudowano, w cerkwi umieszczono grobowiec św. Klemensa, a wokół cerkwi prowadzone są prace archeologiczne. Odsłonięto pozostałości bazylik wczesnochrześcijańskich z zachowanymi mozaikami.
W 1083 Ochrydę zdobył Boemund I. W XIII i XIV wieku miasto należało do łacińskiego księstwa Salonik (od 1202), Despotatu Epiru, drugiego państwa bułgarskiego, cesarstwa bizantyjskiego i (od 1334) do królestwa Serbii. Pod koniec XIV wieku zdobyli je Turcy osmańscy. Liczba chrześcijańskiej ludności miasta zaczęła wówczas spadać – aż do kilkuset osób w 1664. Miasto zaczęło się rozwijać dopiero w XVIII wieku. W XVIII i XIX wieku, podobnie jak cały europejski obszar imperium osmańskiego, przeszło przez okres feudalnej anarchii i powstań narodowowyzwoleńczych. Na początku XX wieku Ochryda liczyła 14,9 tys. mieszkańców, z tego 8 tys. Macedończyków i 5 tys. Turków.