Angażował się także w zakładanie nowych komturii zarówno w Prusach, jak i na Pomorzu Gdańskim.

Zmarł późnym wieczorem 18 listopada 1330 roku w Malborku wskutek ran odniesionych po zamachu na jego życie, którego dopuścił się obłąkany brat rycerz Jan von EndorfWitold Mikołajczyk, Wojny polsko-krzyżackie Wydawnictwo Replika Zakrzewo 2009, s.42.. mały|Werner von Orseln Grób Mistrza Wernera znajduje się w katedrze św. Jana Ewangelisty w Kwidzynie. Pochowany został 19 listopada 1330 roku. Jego szczątki zostały poddane badaniom w latach 2007–2008 w związku z pracami archeologicznymi w prezbiterium świątyni. Kilka lat po pogrzebie, w jego krypcie umieszczono inskrypcję w języku niemieckim, brzmiącą: Meister Werner von Orseln starb nach Christi Geburt MCCC und in dem XXX Jahre.

Kontrowersje dotyczące zamachu na życie Wernera von Orseln Do dziś szczegóły śmierci Wernera von Orseln pozostają zagadką. Oficjalne dokumenty zakonu, a także pismo wystawione w dniu pogrzebu wielkiego mistrza przez biskupów pruskich wskazywały, że motywem zabójstwa, którego dopuścił się Jan von Endorf był stan psychiczny sprawcy (obłąkanie). Marcin Murinius w swojej XVI wiecznej Kronice Mistrzów Pruskich podaje jako przyczynę zabójstwa spór o konie, które Werner von Orseln miał odebrać zamachowcowi.