Nie zakwalifikował się do ekipy olimpijskiej na Zimowe Igrzyska Olimpijskie 1992 w Albertville, jako olimpijczyk debiutował dwa lata później, podczas igrzysk w Lillehammer, gdzie zajął 22. miejsce w sprincie i dziewiąte w sztafecie. Na rozgrywanych cztery lata później igrzyskach w Nagano, uplasował się na 24. miejscu w biegu indywidualnym, 38. w sprincie i 11. miejscu w sztafecie. Największy sukces w karierze osiągnął na igrzyskach olimpijskich w Salt Lake City w 2002 roku, gdzie wywalczył brązowy medal w sprincie. Był to pierwszy w historii biathlonu austriackiego medal olimpijski. Perner przegrał tam jedynie z Norwegiem Ole Einarem Bjørndalenem i Niemcem Svenem Fischerem. W pozostałych startach zajął 32. miejsce w biegu indywidualnym, w biegu pościgowym był dziewiąty, a w sztafecie szósty.