Następnym okrętem, na którym Franklin służył, był HMS „Bellerophon”. W trakcie wojen napoleońskich wziął on udział w blokadzie Brestu i październiku 1805 roku w bitwie pod Trafalgarem, gdzie pełnił funkcję sygnalisty. Następnie został przeniesiony na HMS „Bedford” i 11 lutego 1808 roku został awansowany do stopnia porucznika. Podczas wojny brytyjsko-amerykańskiej wziął udział w ofensywie na Nowy Orlean i został ranny w bitwie na jeziorze Borgne. W maju 1815 wrócił do Anglii. Krótko służył na „Forth”, po czym po zakończeniu wojen został zwolniony ze służby, wraz z wieloma innymi młodymi oficerami.
W 1818 roku admiralicja brytyjska rozpoczęła działania badawcze, w celu znalezienia krótszej drogi na Daleki Wschód przez Arktykę. Franklin został dowódcą brygu „Trent” w wyprawie na Ocean Arktyczny, kierowanej przez Davida Buchana (dowodzącego barkiem „Dorothea”). Na północ od Svalbardu statki zatrzymał pak lodowy, który poważnie uszkodził „Dorotheę” i wyprawa powróciła jedynie z wiadomością, że na północy nie ma otwartego morza.