Na skutek intryg nieprzyjaznego mu ministra wojny i kolonii lorda Edwarda Stanleya ustąpił w 1843 roku.
Ostatnia ekspedycja arktyczna (1845) mały|Zdjęcie (dagerotyp) Franklina wykonane przed wyruszeniem w ostatnią wyprawę
W międzyczasie admiralicja powróciła do planów badań kanadyjskiej Arktyki. Pomimo wątpliwości związanych z jego wiekiem, w lutym 1845 roku Franklin otrzymał dowództwo kolejnej wyprawy, mającej przepłynąć z Morza Baffina na Morza Beringa i tym samym zakończyć poszukiwania Przejścia Północno-Zachodniego. 19 maja 1845 roku specjalnie przygotowane okręty HMS „Erebus” i HMS „Terror” wyruszyły w wyprawę i ostatni raz były widziane (przez wielorybników) w lipcu tego roku.
Po trzech latach, gdy wyprawa nie dała znaku życia, wysłano na poszukiwanie pierwszą, a następnie około 30 innych wypraw „franklinowskich”. Organizowane przez admiralicję, lady Jane Franklin, Kompanię Zatoki Hudsona i innych wyprawy, operujące głównie między 1849 a 1859 rokiem, ostatecznie odkryły szczegóły dalszych losów wyprawy, choć nie znalazły wraków. Franklin spędził zimę 1845–46 na wyspie Bechey w Cieśninie Barrowa, okrążył Wyspę Cornwallisa i nie mogąc podążyć na północ i zachód, zgodnie z rozkazami popłynął na południe, ku zbadanym wcześniej przez siebie wybrzeżom.