Te cztery lata uchodzą za najgorszy okres w dziejach Szwecji, charakteryzujący się despotyzmem.

Po osiągnięciu pełnoletniości przez bratanka wycofał się z życia politycznego i zajął się mistycyzmemKlercker af, C., Hedvig Elisabeth Charlottas dagbok VII 1800-1806, P.A. Norstedt & Söners förlag Stockholm 1936, s. 497–527.. Powrócił do niego ponownie w 1808 podczas pobytu Gustawa IV Adolfa w Finlandii, kiedy sprawował władzę w jego zastępstwie.

Panowanie (1809–1814) 200px|right|thumb|Herb królewski Karola XIII Po obaleniu Gustawa IV Adolfa 13 marca 1809 roku w wyniku spisku wojskowego został ponownie mianowany regentem do czasu wyboru nowego władcy. Ostatecznie w tym samym roku przedstawiciele stanów zasiadających w Riksdagu wybrali go królem Szwecji. Przed intronizacją został zmuszony do zatwierdzenia nowej konstytucji, która przywróciła władzę parlamentu. Wobec braku legalnego potomstwa króla projektowano ogłoszenie następcą tronu księcia duńskiego, ale ostatecznie, po nagłej śmierci owego księcia, wygrała przeforsowana przez Francję i Rosję kandydatura napoleońskiego marszałka Jeana Baptiste’a Bernadotte’a. Został on adoptowany przez Karola XIII w 1810 roku po przybyciu do Szwecji i przyjął imię Karola Jana oraz został ogłoszony następcą tronu z prawem dziedziczenia.