Od 13 do 16 grudnia 1981, po wprowadzeniu stanu wojennego, był członkiem Komitetu Strajkowego Huty im. Lenina. Po pacyfikacji strajku pozostawał w ukryciu. 13 stycznia 1982 Edward Nowak został zatrzymany i następnie tymczasowo aresztowany. 25 lutego 1982 za organizację strajku został skazany w trybie doraźnym przez sąd wojskowy w Warszawie na karę trzech lat i sześciu miesięcy pozbawienia wolności, orzeczono też dwuletni okres pozbawienia praw publicznych. Utracił wówczas zatrudnienie w hucie. Więziony początkowo w areszcie śledczym w Krakowie, następnie m.in. w zakładzie karnym w Raciborzu. Został zwolniony 8 sierpnia 1983 na mocy amnestii. W sierpniu 1983 został z powrotem przyjęty do pracy w Hucie im. Lenina, otrzymując gorsze niż poprzednio warunki zatrudnienia.
Był doradcą Tajnej Komisji Robotniczej Hutników. W marcu 1984 współtworzył Towarzystwo Pomocy Więzionym, a w listopadzie tegoż roku Inicjatywę Obywatelską w Obronie Praw Człowieka Przeciw Przemocy. 3 maja 1985 został zatrzymany i następnie ponownie aresztowany za udział w uroczystościach rocznicy uchwalenia Konstytucji 3 maja w Krakowie. Został wówczas ponownie zwolniony z pracy. Uzyskał zwolnienie z aresztu 3 lipca 1985. Do końca lat 80.