Dowództwo nad armią i sprawy wojny z Litwą pozostawił doświadczonemu w sprawach wojskowych Konradowi von Wallenrode, którego uczynił wielkim komturem, a po jego śmierci wielkim mistrzem. Miał on w imieniu zakonu zdobywać nowe tereny i przede wszystkim uzyskać i utrzymać stałe połączenie Prus z Inflantami, co udawało się tylko przez krótkie okresy.
Zreformował podział administracyjny Prus, wspierał kolonizację obszarów słabo zaludnionych, pozwolił na organizowanie się stanów i ich przedstawicielstwa. Postanowił ufundować uniwersytet, którego siedzibą miało być miasto Chełmno. Wspierał rozwój i samorządność miast.
Na okres jego urzędowania przypadł chrzest Litwy i objęcie tronu polskiego przez Władysława II Jagiełłę, co znacząco wzmocniło front antykrzyżacki. Konrad Zöllner von Rotenstein zmuszony był przyglądać się schyłkowi ekspansji zakonu krzyżackiego wśród Bałtów i powolnemu upadkowi idei budowania państwa krzyżackiego kosztem pogańskich ludów w Europie. Ostatnie lata panowania poświęcił próbie rozbicia unii polsko-litewskiej i skłócenia ze sobą dwóch wielkich książąt litewskich: