Przejęcie przez Kościół rzymskokatolicki Do kompleksowej odbudowy i przywracania funkcji sakralnych całemu obiektowi przygotowania rozpoczął proboszcz Andrzej Majewicz, a same prace rozpoczęły się w roku 1988, po przekazaniu obiektu ówczesnej parafii świętego Stanisława. Odbudowę kościoła opracowywał architekt Janusz Nekanda-Trepka. Autorami koncepcji odbudowy świątyni, trwającej do 1998 roku, byli: proboszcz Jan Uberman, Janusz Nekanda-Trepka, Zbigniew Becker, Irena Kukla, Władysław Uścinowicz, Karol Klaus, Maria Łada-Zabłocka, Maria Nekanda-Trepka, Mieczysław Kwiasowski i Stefan Kwilecki. W 2009 roku wstawiono witraże przedstawiające historię Zbawienia, od Protoewangelii do czasów nam współczesnych, projektu Janusza Sobczyka wykonane w jego pracowni Ars Antiqua.
Parafia św. Stanisława w Wolinie erygowana została 1 czerwca 1951 roku, a zmiana siedziby i tytułu parafii nastąpiła 6 grudnia 2000 roku, kiedy był już odbudowany i poświęcony kościół św. Mikołaja. Nieco wcześniej, 15 października, kościół został poświęcony.