14 maja 2009 przedłużył kontrakt z Auxerre do 2011 Po meczu z Paris Saint-Germain w Paryżu (2:1), w którym strzelił dwie bramki, francuska prasa określiła go „bohaterem, który zatopił Paryż”. W 37. kolejce w meczu z AS Saint-Étienne (1:0) zdobył 14. gola w sezonie. 23 maja 2009 został uznany Piłkarzem Sezonu w Auxerre w głosowaniu kibiców.
W czerwcu 2009 roku przeszedł w Warszawie zabieg termolezji, czyli zwalczania bólu kręgosłupa prądem. Natomiast w lipcu operację pachwiny, która wykluczyła go z występów w czterech pierwszych meczach sezonu 2009/2010. AJ Auxerre pod jego nieobecnością zdobyło zaledwie jeden punkt i zajmowało przedostatnie miejsce w tabeli. Jeleń powrócił do składu w piątej kolejce Ligue 1 w meczu przeciw OGC Nice. Było to pierwsze zwycięskie spotkanie Auxerre w tym sezonie. W meczu siódmej kolejki, przeciw Grenoble Foot 38 za faul na Davidzie Jemmalim Ireneusz Jeleń ujrzał czerwoną kartkę. Była to pierwsza czerwona kartka w karierze polskiego napastnika. Pierwszą i drugą bramkę w sezonie Jeleń strzelił w dziesiątej kolejce przeciw Lille OSC (3:2). W kolejnym spotkaniu, z Montpellier HSC (2:1) strzelił obie zwycięskie bramki. W następnym spotkaniu zwyciężonym przez Auxerre przeciw AS Monaco, Jeleń nie zdobył gola. Dzięki temu zwycięstwu AJA awansowało na pozycję lidera w tabeli.