Do najstarszych parafii należały: Gdańsk (1895), Grudziądz, Chodzież i Wrocław (1897).
Za początek metodyzmu w Polsce uznaje się dwudziestolecie międzywojenne. Polski Kościół Ewangelicko-Metodystyczny sięga swymi korzeniami do działalności Południowego Episkopalnego Kościoła Metodystycznego ze Stanów Zjednoczonych. Misji w Polsce przewodził ks. mjr Leslie G. White. Pierwsi misjonarze metodystyczni przybyli do Polski w 1919 roku na zaproszenie premiera rządu RP Ignacego Paderewskiego, który chciał by duchowni metodystyczni uczyli kadrę rządową języka angielskiego. W 1921 roku w Warszawie powstała istniejąca do dziś Szkoła Języka Angielskiego (English Language College).
Wkrótce Kościół rozpoczął prowadzenie akcji charytatywnych skierowanych do repatriantów, ofiar wojny i bezrobotnych. Metodyści uruchomili kilka kuchni wydających obiady dla bezrobotnych i bezdomnych. Wykupili budynek dawnego prywatnego gimnazjum Wandy Pawlickiej w Klarysewie koło Warszawy, gdzie powstał dom dziecka, funkcjonowały szkoła, szwalnia oraz stołówka. Obok głównego gmachu wybudowali kaplicę – ośrodek ten nazwano „Emaus”Na części tego terenu mieści się dziś metodystyczne Kościelne Centrum Konferencyjne Warfieldowo nazwane od nazwiska ks. sup. dr. Gaithera Warfilda, amerykańskiego misjonarza przebywającego w Polsce w latach 1924–1941..