3 czerwca 1979 roku archikatedrę odwiedził Jan Paweł II. W 1992 ówczesny prymas kard. Józef Glemp został mianowany metropolitą warszawskim, a Gniezno na 17 lat straciło miano stolicy prymasowskiej. Nowym metropolitą gnieźnieńskim został abp Henryk Muszyński, który jest inicjatorem zjazdów gnieźnieńskich.
W 1996 roku ponownie zamontowano złocony, barokowy baldachim nad trumienką św. Wojciecha, który ukryty w pomieszczeniach wieżowych w czasie II wojny światowej, nie został przez Niemców wywieziony. Rok później do bazyliki ponownie przybył Jan Paweł II.
19 grudnia 2009 roku tytuł Prymasa Polski powrócił do Gniezna i do metropolity gnieźnieńskiego. Tego też dnia miała miejsce inauguracja posługi prymasowskiej przez abp. Muszyńskiego.
W 2012 roku gnieźnieńskiej archikatedrze przekazano relikwie krwi Jana Pawła II, które umieszczono w bocznej kaplicy.