Tuż na zachód od konfesji znajdowała się nekropolia arcybiskupów gnieźnieńskich, po której zachowało się zgrupowanie kilku dużych romańskich grobowców wziemnych, usytuowanych w jednym rzędzie. Wskazują one na fakt, że pasterze archidiecezji mieli prawo do pochówku w szczególnie uprzywilejowanej przestrzeni katedry ad Sanctos – przed konfesją swojego ideowego poprzednika, w niewielkiej odległości od jego relikwii. Z tego okresu pochodzą także pozostałości zabudowań monasterium, przylegających do północnej ściany katedry, zawierających prawdopodobnie kapitularz, refektarz i szkołę katedralną, odkryte w krypcie Kaplicy Potockich.

W latach 1103–1104 odbył się synod z udziałem legata papieskiego związany z odnalezieniem i umieszczeniem relikwii św. Wojciecha w katedrze. Kilka lat później do grobu św. Wojciecha przybył książę Bolesław III Krzywousty. W 1127 roku w katedrze odbyły się uroczystości odnalezienia i umieszczenia w niej głowy św. Wojciecha. Około 1175 roku ufundowano brązowe Drzwi Gnieźnieńskie. W 1177 roku odbył się wielki zjazd, na którym książę Wielkopolski Mieszko III Stary wystąpił jako „dux totius Poloniae”. W 1192 roku, katedra wraz z sąsiadującymi zabudowaniami uległa pożarowi. Przy odbudowie rozebrano m.in.