Gdy wznoszono prezbiterium, nabożeństwa i msze święte odbywały się w oddzielonym i zabezpieczonym romańskim korpusie nawowym. Gdy zaczęto go wyburzać i stawiać nowy, ludzie modlili się w nowej, gotyckiej części prezbiterialnej. Arcybiskup w trakcie budowy wystawił najpierw w części wschodniej wydłużony trójprzęsłowy chór z zamknięciem w kształcie siedmiu boków z dwunastoboku i wielobocznym obejściem, a wkrótce i dobudowywanymi kaplicami grobowymi. Prezbiterium wybudowano ze ścianami podzielonymi poziomym gzymsem na dwie kondygnacje – arkadową i okienną. System konstrukcyjny chóru katedry stanowił kombinację układu filarowo-skarpowego z łukami oporowymi poprowadzonymi pod dachem obejścia. Wschodnia część świątyni wykonana została z kamienia ciosowego i cegły. Inicjator przedsięwzięcia nie doczekał zakończenia budowy, jego następcy nie poniechali jednak kontynuowania dzieła. Abp Janusz Suchywilk doprowadził do ukończenia budowy korpusu nawowego, a abp Bodzanta wyposażył gotycką katedrę w nowe ołtarze. W roku 1382 trwały już zaawansowane prace przy zadaszeniu i przesklepianiu korpusu.