Pierwotnie nastawa ołtarzowa ze Świętą Anną Samotrzecią mierzyła 113 cm szerokości i 176 cm wysokości. W XVIII wieku jej szerokość powiększono do 126,3 cm, a wysokość zmniejszono do 168,4 cm. W latach 2000–2012 roku przeprowadzono restaurację obrazu. W 2012 roku zorganizowano specjalną wystawę, na której zaprezentowano odnowiony obraz i karton z Burlington House.
Karton do obrazu thumb|upright|Karton z Burlington House thumb|upright|Zaginiony pierwszy karton do Świętej Anny Samotrzeciej W kwietniu 1501 do Florencji udał się uczony i wicegenerał zakonu karmelitów Pietro da Novellar, który na prośbę Izabeli d’Este miał przekonać Leonarda do namalowania portretu markizy, na które otrzymał zlecenie ok. 1499 roku. W wiadomości do markizy z 3 kwietnia 1501 roku Pietro da Novellar poinformował, że w przeciągu kilkunastu miesięcy Leonardo wykonał wyłącznie karton przedstawiający Dzieciątko, wyrywające się z objęć matki, by pochwycić baranka. Uczony dokonał własnej interpretacji obrazu. Jego zdaniem baranek ucieleśnia pragnienie, Maryja chroniąc Dzieciątko stara się zapobiec czekającemu go losowi, zaś św. Anna, symbolizująca kościół, powstrzymuje córkę oznajmiając jej gestem, że los Dzieciątka jest przesądzony. Uśmiech św. Anny ma stanowić triumf Kościoła.