21 listopada 2007 został powołany na stanowisko sekretarza stanu w Ministerstwie Zdrowia, złożył dymisję 2 czerwca 2008. Dymisja została przyjęta następnego dnia. Krzysztof Grzegorek zrzekł się immunitetu i wystąpił z partii oraz z jej klubu parlamentarnego.
W kwietniu 2009 w Sądzie Rejonowym w Skarżysku-Kamiennej rozpoczął się jego proces karny. Prokurator przedstawił mu siedem zarzutów, w tym cztery korupcyjne, w którym nie przyznawał się do popełnienia tych czynów. W listopadzie tego samego roku w pierwszej instancji został uznany za winnego i skazany na karę 1 roku i 10 miesięcy pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jej wykonania na okres 4 lat i na karę grzywny, zakazano mu także pełnienia funkcji kierowniczych w placówkach służby zdrowia. Wyrok ten został utrzymany w mocy przez Sąd Okręgowy w Kielcach w styczniu 2011.
W 2007 mógł objąć mandat posła do Parlamentu Europejskiego, zwolniony przez Bogdana Klicha, lecz odmówił, motywując to chęcią dalszego pozostania posłem na Sejm. W 2011 nie ubiegał się o reelekcję do krajowego parlamentu, powracając do pracy zawodowej.
Odznaczenia W 2004 otrzymał Brązowy Krzyż ZasługiPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 18 marca 2004 r.