W latach 2005–2006 pełnił funkcję komisarza regionu warmińsko-mazurskiego PO (po rezygnacji złożonej przez przewodniczącego Marka Żylińskiego).
W 2005 z listy Platformy Obywatelskiej wybrano go na posła V kadencji w okręgu elbląskim. W wyborach parlamentarnych w 2007 po raz drugi uzyskał mandat poselski, otrzymując 25 548 głosów. W Sejmie VI kadencji był przewodniczącym Komisji Spraw Zagranicznych.
W 2009 z listy PO w wyborach do Parlamentu Europejskiego w okręgu wyborczym Olsztyn został eurodeputowanym VII kadencji. W 2010 Europarlament uchylił jego immunitet w związku z zarzutami dotyczącym domniemanego niezgłoszenia wniosku o ogłoszenie upadłości spółki prawa handlowego, w której przez kilka lat był prezesem zarządu. W czerwcu 2011 prokurator Prokuratury Okręgowej w Koszalinie przedstawił mu w związku z tą sprawą zarzuty. W lutym 2014 za jeden z czynów został nieprawomocnie skazany na karę pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem jej wykonania i na karę grzywny, a w pozostałym zakresie uniewinniony wyrokiem Sądu Okręgowego w Gdańsku. Ostatecznie w marcu 2019 został uniewinniony także od ostatniego ze stawianych mu zarzutów.