25 października tego samego roku odwołany został z funkcji ministerialnej w Kancelarii Prezydenta.
18 listopada 2011 prezydent Bronisław Komorowski powołał go na urząd ministra transportu, budownictwa i gospodarki morskiej w drugim rządzie Donalda Tuska.
Postępowanie dotyczące oświadczeń majątkowych i odejście z polityki 15 listopada 2013 prokurator generalny poinformował o zamiarze wystąpienia do Sejmu o uchylenie immunitetu Sławomira Nowaka celem przedstawienia zarzutów związanych z nieprawidłowościami w oświadczeniach majątkowych. Tego samego dnia polityk złożył dymisję ze stanowiska ministra, która została przyjęta przez premiera. 27 listopada 2013 został odwołany przez prezydenta Bronisława Komorowskiego ze stanowiska ministra transportu, budownictwa i gospodarki morskiej. W styczniu 2014 na swój wniosek został zawieszony na trzy miesiące w prawach członka PO (po przedstawieniu mu zarzutów przez prokuratora);